Van 1960 tot 1970 voerde de Rode Khmer een guerrillastrijd tegen het bewind van Prins Sihanouk en Generaal Lon Nol.
De steden werden ontruimd en bevolking werd gedwongen te verhuizen naar het platteland, waar ze in collectieve boerderijen moest werken, 12 tot 14 uur per dag, 7 dagen per week onder een slavendrijversregime en een minimaal rantsoen. Persoonlijke eigendommen diende men meestal achter te laten. De communistische leer werd gecombineerd met een Spartaanse "back to basics"-ideologie. Steden werden door de van het platteland afkomstige Rode Khmer als "slecht" bestempeld, evenals intellectuelen van wie velen bovendien voor Lon Nols regime hadden gewerkt. Vele mensen (monniken, leerkrachten, artsen, ambtenaren, militairen, intellectuelen, ...) werden geëxecuteerd, vaak zonder enige reden of voor lichte vergrijpen. Het dragen van een bril of van nette (burgerlijke) kleding, of het in bezit hebben van een (buitenlands) boek, of kennis van een vreemde taal was voldoende reden voor executie.

De mensen werden in de collectieven ingedeeld in drie categorieën: de volledig gerechtigden, de aspiranten en de gedeporteerden. Volledig gerechtigden kregen uiteraard de beste behandeling en het beste voedsel, en konden tot de partij toetreden. De aspiranten waren plattelandsbewoners en stedelingen die oorspronkelijk van het platteland kwamen en kregen eveneens een wat betere behandeling. De gedeporteerden vormden een restcategorie van stedelingen en intellectuelen, en werd het slechtst behandeld en kreeg het minste eten.

De familie werd afgeschaft. Slechts "Angkar" (de partij) bepaalde wie zich met wie mocht voortplanten en voedde de kinderen die hieruit voortkwamen op. Zelfs woorden als "vader" en "moeder" mochten niet meer gebruikt worden. Voedsel mocht slechts collectief worden genuttigd tijdens maaltijden in de eetzaal. Zelfs het verzamelen van fruit was verboden omdat dat "egocentrisch" zou zijn, al het fruit behoorde immers toe aan "Angkar". Inkrimping van rantsoenen of iemand een maaltijd geheel ontzeggen was een populaire straf die vaak tot gevolg had dat men te ziek werd om te werken, helemaal niets meer kreeg, en ten slotte overleed.

Er bestond weinig samenwerking of coördinatie tussen de verschillende eenheden van de Rode Khmer. Dit werkte de wreedheden en hongersnood in de hand. Commandanten wisten dat ze gestraft zouden worden als ze onvoldoende presteerden en wilden in ieder geval niet de laatste zijn. Hierdoor ontstond een zekere concurrentie die leidde tot radicalisering. Ook werkte het gebrek aan coördinatie hongersnood in de hand daar communicatie tussen de gebiedsdelen erdoor gehinderd werd en handel bovendien ontmoedigd of zelfs verboden werd.

Het Tuol Sleng-museum en de vele killing fields (o.a. Choeung Ek) zijn nog steeds de stille getuigen van de massamoorden die hebben plaatsgevonden.

Ondanks de Vietnamese steun waren er voortdurend schermutselingen tussen de Vietnamezen en Cambodjanen, zelfs al voor de machtsovername in 1975. Vietnam was de traditionele aartsvijand van de Khmer: het was groter en dichter bevolkt. Bij de Rode Khmer was haat tegen de Vietnamezen diep geworteld, en het bewind stelde zich steeds provocerender op. Onderwerp van conflict waren de slechte behandeling van Vietnamese immigranten in Cambodja.

Zelfs een communistisch Vietnam werd immers als bedreiging gezien, misschien nog meer nu het weer verenigd was. Men trachtte steun te zoeken bij de Volksrepubliek China. Regelmatig kwamen schermutselingen aan de grens voor, waarbij de Rode Khmer de grens overstaken en dorpen plunderden. Pol Pot rekende er op dat hij door China gesteund zou worden indien het met Vietnam tot oorlog kwam.

De Vietnamezen rustten verscheidene strafexpedities uit en besloten ten slotte de Rode Khmer te verwijderen in een grootschalige militaire operatie. In december 1978 viel een leger van 150.000 Vietnamezen Cambodja binnen en liep de zwakke Rode Khmereenheden binnen twee weken onder de voet. De Vietnamezen bezetten vrijwel het gehele land en installeerden een nieuwe regering.
De Vietnamezen werden aanvankelijk door de bevolking als bevrijders binnengehaald, maar werden daarna steeds impopulairder.

Na de verdrijving van het regime van Pol Pot door de Vietnamezen, hield de Rode Khmer nog jaren stand vanuit de Cambodjaanse jungle. In de jaren '90 van de 20e eeuw had de Rode Khmer zich onder andere teruggetrokken in de Dongrekbergen. Ze werden gesteund door China en Thailand, en indirect door de Verenigde Staten.
Verscheidene leiders liepen over en Pol Pot zelf werd door Ta Mok, een van de hogere commandanten, wegens "wanbestuur" gevangengenomen in 1997. Negen maanden later overleed Pol Pot onder onopgehelderde omstandigheden.

In totaal zijn onder zijn bewind anderhalf tot twee miljoen Cambodjanen zijn omgebracht. Dat was toen een vijfde van de Cambodjaanse bevolking.

Lees over het graf van Pol Pot in Anlong Veng!

Lees over genocide van Pol Pot

Lees over de "Killing Fields"

Lees over het "Tuol Sleng" Museum (Genocide museum)